Die Erweiterung und Teilung der Skymetro zählt ebenfalls zu den Baumassnahmen im Rahmen des Projekts "Zürich 2010". Die Separierung von sicherheitsgeprüften und nicht geprüften Passagieren bedingt eine organisatorische Änderung im Betrieb der Skymetro.
Die zentralisierten Sicherheitskontrollen bringen auch Änderungen für Transferpassagiere mit sich. Ankommende Passagiere aus dem Schengen-Raum gelten nach den EU-Bestimmungen als ausreichend sicherheitsgeprüft. Die meisten Passagiere aus Non-Schengen-Abflughäfen gelten hingegen als nicht genügend überprüft. Sie müssen vor einem allfälligen Weiterflug erneut kontrolliert werden.
Um diese Kontrollen für Transferpassagiere durchzuführen, werden im bestehenden Dock E analog zum neuen Dock B sogenannte Transfer-Sicherheitskontrollen eingerichtet. Transferpassagiere aus einem Non-Schengen-Land passieren nach ihrer Ankunft eine solche Kontrolle und begeben sich anschliessend zu ihrem Anschlussgate. Passagiere mit Endstation Zürich und Passagiere aus dem Schengen-Raum müssen nicht erneut überprüft werden.
Um die Trennung von geprüften Passagieren und nicht geprüften Passagieren nach der Zentralisierung der Sicherheitskontrollen zu gewährleisten, werden die Stationen der Skymetro im Dock E und unter dem Airside Center geteilt. Geprüfte Passagiere werden so automatisch in einen anderen Bereich der Skymetro-Station geleitet als ungeprüfte Passagiere. Mit der korrekten Skymetro erreichen die Flugreisenden anschliessend die Gepäckausgabe (Exit Zürich) oder ihre Anschlussgates.
Um Kapazitätseinbussen auszugleichen, wurden die Züge der Skymetro von zwei auf drei Einheiten erweitert.