Seit dem 29. März 2009 müssen sich Flugreisende innerhalb des Schengen-Raums keiner Passkontrolle mehr unterziehen. Dafür sind die Reisenden zu kontrollieren, die auf dem Flughafen Zürich zwischen Schengen- und Non-Schengen-Ländern umsteigen. Die erforderlichen Infrastruktur- und Prozessanpassungen wurden bereits reibungslos umgesetzt. Dank der Umsetzung des Schengener Abkommens und der weiteren Umbauten entwickelt sich der Flughafen Zürich zum eigentlichen Herzen Europas.
Für Flüge ab Zürich in ein Schengen-Land entfallen Passkontrollen beim Abflug sowie bei der Ankunft am Zielort . Ist ein Weiterflug innerhalb des Schengener Raums geplant, bleiben die Wege kurz und weitere Sicherheitskontrollen entfallen. Bei Transfer-Passagieren, die in Zürich in den Schengen-Raum eintreten oder diesen verlassen, werden alle erforderlichen Sicherheits- und Passkontrollen im Transfer durchgeführt.
Im Rahmen des Projekts wird das Dock B am Flughafen Zürich neu erstellt. Das neue Dock B kompensiert den Verlust an Abfertigungskapazität, der mit der Umsetzung des Schengener Abkommens einhergeht. Es verfügt über zwei Abfertigungsgeschosse für die flexible Abfertigung von Schengen- und Non-Schengen-Passagieren. Zusätzlich entstehen acht Busgates für den Non-Schengen-Verkehr. Dock B wird am 1. Dezember 2011 in Betrieb genommen.
Die zentralisierte Sicherheitskontrolle im neuen Sicherheitskontrollgebäude (SKG) nimmt ebenfalls am 1. Dezember 2011 ihre Arbeit auf. Passagiere werden ab diesem Datum bereits vor dem Eintritt ins Airside Center kontrolliert. Die Sicherheitskontrollen finden nicht mehr dezentral vor den Abfluggates statt. Für die Flugreisenden bedeutet dies gesteigerten Komfort und einen angenehmeren Aufenthalt bis zum Abflug, denn nach erfolgter Sicherheitskontrolle steht mehr Zeit zur Verfügung, um das reichhaltige Einkaufs- und Gastronomieangebot zu nutzen.
Im Rahmen von „Zürich 2010“ werden im Dock E wie auch im Dock B neue Transfer-Sicherheitskontrollen eingerichtet. Sie sind erforderlich, weil ankommende Passagiere aus Non-Schengen-Ländern gemäss EU-Richtlinien als nicht ausreichend sicherheitsgeprüft gelten. Flugreisende mit Exit Zürich müssen nicht mehr kontrolliert werden.