Seit dem 12. Dezember 2008 zählt die Schweiz zum Schengener Raum. Am Flughafen gelten die neuen Regelungen seit 29. März 2009.
Damit rückt die Schweiz Europa nicht nur einen Schritt näher, die Zusammenarbeit innerhalb der Schengen-Zone sorgt zudem für mehr Sicherheit und eine Vereinfachung des freien Personenverkehrs.
Bei Reisen zeigt sich dies hauptsächlich darin, dass die Passkontrollen innerhalb des Schengenraums entfallen und am Flughafen Zürich zum Teil sogar das Umsteigen auf einen Transferflug ohne erneute Sicherheitskontrollen erfolgt.
Gleichzeitig hat Schengen zur Folge, dass sich verschiedene Passagiere neu in strikt voneinander getrennten Bereichen des Flughafens bewegen: in einem Schengen- und einem Non-Schengen-Bereich.
Für den Übertritt zwischen den beiden Zonen ist grundsätzlich eine Passkontrollstelle zu passieren. Zu diesem Zweck wurden beispielsweise die heutige zentrale Passkontrolle ausgebaut, ein neuer Non-Schengen-Korridor zwischen Passkontrollhalle und Dock B realisiert sowie die neue Transferzone D mit Day Rooms im Non-Schengen-Bereich und die Schengen-Busgates B01-10 erstellt.