Um ihrer Verpflichtung gemäss Umweltleitbild nachzukommen, betreibt die Flughafen Zürich AG ein systematisches Umweltmanagement. Seit 2001 ist sie nach der internationalen Norm ISO 14001:2004 zertifiziert.
Mithilfe eines systematischen Datenmanagements werden Kennzahlen ausgewiesen, mit denen die Umweltsituation und die Entwicklung dargestellt werden können.
Anhand dieser Kennzahlen, rechtlichen und behördlichen Forderungen sowie dem Umweltleitbild werden Umweltportfolios für die einzelnen Unternehmensbereiche erstellt und Massnahmen geplant. Die Umsetzung dieser Massnahmen sowie deren Wirkung wird begleitet und überwacht .
Bauprojekte werden im Rahmen eines Umwelt-Projektmanagements hinsichtlich ihrer ökologischen Auswirkungen beurteilt und zwar bezüglich der Realisierungsphase als auch ihrer späteren Nutzung und erhalten eine entsprechende Umweltbaubegleitung. Die von der Flughafen Zürich AG festgelegten Umweltschutzbestimmungen für Bauprojekte sind Teil der Submissionsbestimmungen und Werkverträge und gelten grundsätzlich als Umweltstandard für die Realisierungsphase. Je nach Projekt können diese Bestimmungen weiter präzisiert werden.