Die Umbauarbeiten und Umstrukturierungen in der grossen Check-in Halle im Terminal 2 bilden den Kern des Hauptprojekts, das die Flughafenbetreiberin in der Zeitspanne von Juni 2012 bis Ende 2015 realisiert. Der Passagierbetrieb am Flughafen Zürich läuft während den Bautätigkeiten zu jeder Zeit regulär weiter. Um dies zu gewährleisten finden die baulichen Massnahmen zuerst im südlichen, dann im nördlichen Teil der Halle statt. Die Infrastrukturen im betroffenen Teil ziehen während den Bauarbeiten an einen Ersatzstandort.
Im Juni 2012 starteten die Baumassnahmen in der südlichen Hallenhälfte des Check-in 2. Während den Arbeiten, die bis zum ersten Quartal 2014 dauern, beziehen die betroffenen Check-in Reihen 7, 8, 9 und 10 ihren Ersatzstandort. Dieser liegt ebenfalls im Terminal 2 im Geschoss G1, unmittelbar unter der Check-in Halle 2.
Die Schalter in der südlichen Hallenhälfte, namentlich Qatar Airways, Oman Air, Singapore Airlines, Emirates, US Airways, Delta Airlines und Thai Airways, wechseln also während den Bauarbeiten ihren Standort. Ebenso die Check-in Schalter von Air Berlin, die seit dem 26. März 2011 im Check-in 3 zu finden sind. Jegliche Änderungen in den Passagierwegen werden signalisiert und neu ausgeschildert.
Nach der Fertigstellung des südlichen Hallenteils, startet im Jahr 2014 der Umbau im Norden der Check-in Halle. Die ursprünglich im Süden beheimateten Airlines nutzen dann die neue Check-in Infrastruktur in der neu strukturierten Halle und die Airlines im Norden wechseln zum Ersatzstandort.