Die Flugsicherung sorgt für einen sicheren, geordneten und flüssigen Ablauf des gesamten Luftverkehrs. Dazu gehören die Kontrolle und Koordination von Flugzeugen im Luftraum sowie die Kommunikation mit den Piloten. In der Schweiz hat Skyguide den gesetzlichen Auftrag des Bundes, den zivilen und militärischen
Luftverkehr im Schweizer Luftraum sowie in angrenzenden Teilen der Nachbarstaaten sicher, effizient und umweltverträglich abzuwickeln.

Als nicht gewinnorientierte Aktiengesellschaft im Eigentum des Bundes ist Skyguide verantwortlich für eine zuverlässige Flugsicherung und betreibt die dafür nötige Infrastruktur. Die Gesamteinnahmen von CHF 520 Mio. werden zu 80 % über die Gebühren finanziert, welche die Fluggesellschaften für die Nutzung des Schweizer Luftraums zahlen. Diese Erträge für die Flugsicherung beliefen sich im Jahr 2024 auf CHF 411 Mio. (Quelle: Skyguide Geschäftsbericht 2024) und setzen sich aus zwei Komponenten zusammen: den Gebühren für die Streckenflugsicherung (60 %), die den Überflug im Schweizer Luftraum abdecken und diejenigen für die Anflugsicherung (40 %) für An- und Abflüge an den Flughäfen. Die Höhe der Gebühren hängt unter anderem vom Gewicht des Flugzeugs und der zurückgelegten Distanz ab. Auf diese Weise bezahlen die Fluggesellschaften für die von ihnen beanspruchten Dienstleistungen und tragen nutzerfinanziert ihren Teil zum sicheren Betrieb einer der komplexesten Lufträume Europas bei. An den Landesflughäfen gibt es für die Flugsicherung einen geteilten Verantwortungsbereich. Während der Verkehr auf der Piste (Start, Landungen und Pistenkreuzungen) von Skyguide durchgeführt wird, liegt die Zuständigkeit für den Verkehr auf dem Vorfeld sowie den Standplätzen bei den Flughäfen Zürich
und Genf. Die durch Skyguide und Flughäfen benutzten Anlagen und Systeme werden gemeinsam finanziert. Dadurch wird sichergestellt, dass die Kosten in der Flugsicherung dort anfallen, wo sie entstehen, und dass die Beteiligten die notwendigen Dienste erhalten. Ein gutes Zusammenspiel zwischen Skyguide und den Landesflughäfen ist deshalb zentral für den reibungslosen Betrieb.

Bundesbeiträge ergänzen die Einnahmen von Skyguide für spezielle Aufgaben. Darunter fallen die militärische Flugsicherung, die Flugsicherung in delegierten Lufträumen im benachbarten Ausland (z.B. Süddeutschland) oder besondere Sicherheitsprojekte. Diese sind von nationaler Bedeutung und werden aus Gründen der Souveränitätsüberlegungen bewusst durch den Bund finanziert. Dieses Modell stellt sicher, dass jede Partei – Fluggesellschaften, Flughäfen, Flugsicherung und auch der Bund – angemessen für ihre Leistungen zahlt, und dass die Schweizer Luftfahrt wirtschaftlich tragfähig bleibt.